Traveling with Deep Learning: E-BIMO's Footprint Explores Banten's Local Potential
In the world of modern science education, learning is no longer just about dwelling in a classroom with a whiteboard and presentations. It has been transformed into an experiential journey, which touches not only the cognitive but also the emotional and social aspects. This is what we are building through E-BIMO (e-Bioinformatics Module), a digital-based bioinformatics learning platform that continues to innovate.
After previously being an online learning medium for students, now E-BIMO has upgraded itself by incorporating deep learning methods into the learning process. Not just theory, we invite students to adventure in a “scientific travel” to discover, collect, and process authentic biological data from nature. The bioinformatics and deep learning workflow drawings (Figure 1) become the basic principles we use: data is collected from the field, converted into a digital format, and then analyzed using artificial neural networks to generate new insights.
Figure 1. Illustration of Bioinformatics and deep learning device workflows on genetics, evolution and ecology materials
The team’s journey to explore the local potential in Banten went to three locations, namely Pandeglang, Ujung Kulon National Park, and Baduy. Figure 2 is a map of travel locations in exploring Banten’s local potential.
Walking the Trail in Pandeglang
Our scientific journey began in Pandeglang Regency. There are two main locations that are the focus, namely Bandung Village and Banjar Village (Figure 3). These two villages have extraordinary distinctiveness: starting from the sinyonya carp which has become a local icon, Talas Beneng which is now widely known as an alternative food, to Puhu coffee which has a distinctive aroma.
However, E-BIMO narrowed the research down to one aspect that is considered very important and relevant, namely microorganisms in the intestines of sinyonya carp. Why? Because the gut microbiota of fish plays an important role in fish health and the sustainability of fisheries cultivation businesses. For fish farmers, this understanding is very useful for increasing production, reducing diseases, and supporting food security.
By collecting microbial samples from the intestines of fish, students were invited to learn how to isolate bacteria and fungi, process DNA sequence data, and finally use deep learning and bioinformatics to analyze microbial diversity patterns. From here, they learned that learning biology is not just a theory, but can be in direct contact with real problems in society.
Figure 3. Map of sampling locations in Pandeglang
An Expedition to the West End National Park
The next trip took us to Ujung Kulon National Park, one of the world heritage sites known as the last home of the Javan rhino (Figure 4). However, beyond that privilege, this area also holds another biological treasure that is no less important: the mangrove ecosystem.
E-BIMO focuses research on mangrove root bacteria and fungi. Mangrove plants live in challenging environments—saltwater, muddy soils, and anaerobic conditions—so the microorganisms that live in their roots often have extraordinary abilities. Some of them have the potential to be developed as natural fertilizers, which can support sustainable agriculture.
In the context of deep learning-based learning, students are trained to characterize microbes, convert laboratory results into digital data, and then process them with bioinformatics algorithms. This process not only enhances technical skills, but also opens up insights into how cutting-edge technology can be used to optimize local potential.
Keeping Up With the Kardashians in Bangladesh
Our journey continued to the Baduy area, precisely in Ciketawarna Village. In contrast to the previous two locations that put more emphasis on fisheries and ecosystems, here we find a wealth of traditional knowledge. Through interviews with the local community, we found out that the village holds many traditional medicinal plants and cosmetics that have been used for generations.
This potential is particularly interesting to explore further, as the combination of local knowledge with bioinformatics and deep learning can open up huge opportunities: from the search for bioactive compounds, genetic identification of plants, to opportunities for the development of natural herbal and cosmetic products. In this way, students learn that science is not just about modern laboratories, but also about valuing local wisdom and making it part of global innovation.
Wrapping Up: Learning While Traveling
The trip to Pandeglang, Ujung Kulon, and Baduy is not only a scientific expedition, but also a new model of deep learning-based biology learning. Students not only learn about microbes, mangroves, or medicinal plants, but also learn how science can integrate with society, culture, and technology.
By combining bioinformatics, deep learning, and local potential, E-BIMO seeks to produce a generation of young scientists who are not only academically skilled, but also sensitive to local and global issues. This is the true meaning of “travelling with deep learning”: a journey that connects knowledge, experience and a more sustainable future of biology.
References
Borowiec, M. L., Dikow, R. B., Frandsen, P. B., McKeeken, A., Valentini, G., & White, A. E. (2022). Deep learning as a tool for ecology and evolution. Methods in Ecology and Evolution, 13(8), 1640-1660.
Experiences Shared by Travelers
Menelusuri Potensi Lokal Banten di Jantung Konservasi Ujung Kulon
Taman Nasional Ujung Kulon (TNUK) yang terletak di ujung barat Pulau Jawa, Provinsi Banten, merupakan salah satu warisan alam paling berharga di Indonesia. Kawasan ini dikenal sebagai habitat terakhir badak Jawa yang terancam punah, sekaligus menyimpan kekayaan hayati luar biasa mulai dari hutan tropis yang rimbun, pantai berpasir putih, ekosistem mangrove, hingga kehidupan laut yang beragam. Bagi Tim Ebimo, perjalanan ini bukan sekadar penjelajahan, melainkan sebuah ekspedisi penuh makna yang menghadirkan pengalaman belajar dan refleksi.
Perjalanan dimulai di Pulau Peucang, surga kecil dengan pasir putih lembut dan air laut sebening kristal. Rusa dan kera ekor panjang tampak bebas berkeliaran di tepi pantai, seolah menyambut pengunjung dengan tenang. Tim mendokumentasikan keindahan alam Pulau Peucang sambil merenungkan harmoni antara manusia dan satwa liar yang hidup berdampingan.
Dari Peucang, perjalanan berlanjut menyeberang ke Pulau Panaitan yang menawarkan panorama alam menakjubkan. Tim dibagi menjadi dua kelompok, sebagian menjelajahi kawasan Resort Lagon Butun, sementara yang lain menuju Cibariang. Kedua lokasi memberikan perspektif berbeda tentang Panaitan—dari pemandangan pesisir yang tenang hingga bentang alam yang menantang, semuanya memperlihatkan pentingnya menjaga ekologi pulau ini.
Selanjutnya, Tim Ebimo menjelajahi Pulau Handeuleum yang dikelilingi hutan mangrove lebat. Tim kembali terbagi, ada yang mengeksplorasi area Resort, ada yang menelusuri jalur Cigenter, dan ada pula yang menuju Tanjung Alang-Alang. Suasana hening, suara burung, serta keragaman flora dan fauna menghadirkan pengalaman penuh pengetahuan tentang ekosistem mangrove dan peran pentingnya bagi kehidupan.
Ekspedisi berlanjut ke Laban, Cilintang, dan Cidaon, tiga lokasi dengan karakteristik berbeda namun sama-sama menyuguhkan keunikan ekologi. Dari garis pantai hingga habitat satwa, setiap tempat memberikan gambaran nyata tentang kekayaan alam Ujung Kulon yang harus terus dijaga kelestariannya.
Destinasi terakhir adalah Ujung Jaya, di mana tim berinteraksi langsung dengan masyarakat setempat. Melalui penelitian kualitatif berupa wawancara, tim memperoleh wawasan berharga mengenai hubungan antara manusia dan alam. Pertemuan ini menegaskan bahwa konservasi tidak hanya soal menjaga alam, tetapi juga memahami serta mendukung kehidupan masyarakat yang tinggal berdampingan dengannya.
Pada akhir perjalanan, Ujung Kulon tidak hanya menghadirkan keindahan alam yang memukau, tetapi juga memberikan inspirasi, pengetahuan, dan kesadaran. Bagi Tim Ebimo, perjalanan ini menegaskan bahwa menjaga kelestarian alam adalah tanggung jawab bersama, dan setiap pengalaman yang diperoleh menjadi bekal untuk komitmen menjaga keberlanjutan di masa depan.
Ditulis oleh:
Citra Maida
Dua Hari Satu Malam di Baduy Harmoni Alam, Tradisi, dan Tumbuhan Obat
Perjalanan selama dua hari satu malam ke Baduy bersama rekan-rekan dan ibu bapak dosen, menggunakan jasa Wisuba menjadi pengalaman berharga yang tidak hanya memberikan wawasan budaya, tetapi juga memperkaya pengetahuan ilmiah, khususnya mengenai potensi tumbuhan obat. Tujuan utama kegiatan ini adalah mengunjungi Baduy Dalam, sebuah komunitas adat yang masih memegang teguh nilai tradisi dan hidup selaras dengan alam, sekaligus melakukan penelitian sederhana terkait tanaman honje dan berbagai tumbuhan obat yang digunakan masyarakat setempat.
Perjalanan dimulai dengan antusiasme sejak titik keberangkatan. Setelah menempuh beberapa jam perjalanan menuju Kabupaten Lebak, Banten, kami tiba di kawasan Baduy Luar, gerbang menuju kehidupan masyarakat adat Baduy. Dari sini, perjalanan dilanjutkan dengan berjalan kaki menuju perkampungan Baduy Dalam. Rasa lelah menyusuri jalan setapak, melewati hutan, serta menyeberangi jembatan bambu terbayar dengan pemandangan alam yang masih asri dan kehangatan masyarakat lokal yang menyambut dengan ramah.
Menginap di rumah panggung khas Baduy milik ki Atok memberi pengalaman unik, tanpa listrik, tanpa teknologi modern, dan hidup seadanya. Malam itu, kami merasakan kebersamaan dalam kesederhanaan, berdialog dengan warga tentang tradisi, larangan, serta filosofi hidup mereka yang menekankan pada keseimbangan manusia dengan alam. Pengalaman ini memberi refleksi mendalam bahwa keberlanjutan hidup tidak hanya tentang teknologi, tetapi juga tentang kearifan menjaga alam.
Fokus kami di Baduy ini diarahkan pada honje, yang dikenal memiliki berbagai manfaat baik sebagai bumbu masakan maupun sebagai obat tradisional. Warga Baduy menjelaskan cara mereka memanfaatkan honje, mulai dari pengobatan sederhana hingga kebutuhan sehari-hari. Selain itu, kami juga mendokumentasikan beberapa tumbuhan obat lain yang tumbuh di hutan sekitar, yang oleh masyarakat Baduy digunakan untuk meredakan demam, sakit perut, atau luka, seperti daun dadap, daun Hanjuang, daun panglai, dan daun sirih. Hal ini menunjukkan betapa eratnya hubungan pengetahuan etnobotani dengan keberlangsungan hidup komunitas adat.
Hari kedua diisi dengan eksplorasi lebih jauh ke area ladang dan hutan kecil. Sambil mengumpulkan informasi, kami juga belajar bagaimana masyarakat Baduy menjaga kelestarian tanaman obat agar tetap tersedia lintas generasi. Pendekatan mereka sederhana, yakni dengan tidak mengambil secara berlebihan, membiarkan sebagian tanaman tumbuh, dan menghormati aturan adat yang melarang eksploitasi berlebihan.
Perjalanan ini bukan sekadar kunjungan wisata budaya, tetapi juga memberikan pengalaman ilmiah yang bermakna. Kami belajar langsung bagaimana masyarakat adat menjaga pengetahuan tradisional tentang tumbuhan obat, yang dapat menjadi sumber inspirasi untuk pengembangan penelitian biologi dan pendidikan lingkungan di sekolah. Selain itu, perjalanan ini menumbuhkan rasa kebersamaan di antara rekan-rekan, karena kami harus saling mendukung dalam menghadapi keterbatasan dan tantangan selama berada di Baduy Dalam.
Pada akhirnya, pengalaman dua hari satu malam di Baduy meninggalkan kesan mendalam bahwa kearifan lokal, seperti yang dimiliki masyarakat Baduy, merupakan warisan yang sangat berharga. Honje dan berbagai tumbuhan obat bukan sekadar bahan alami, melainkan simbol keterhubungan manusia dengan alam yang sudah terjalin sejak lama. Semoga perjalanan ini menjadi pijakan awal untuk penelitian yang lebih luas, sekaligus pengingat bahwa ilmu pengetahuan modern dapat berdampingan dengan kearifan tradisional dalam menjaga kelestarian alam dan kesehatan manusia.
Ditulis oleh:
Hafizt Maulana Fajar
Ketika Objek Penelitian Mengajarkan Subjek Peneliti: Refleksi dari Baduy
Perjalanan dimulai pada Sabtu pagi, ketika kereta api meninggalkan hiruk-pikuk Serang menuju Rangkasbitung. Tidak disangka bahwa perjalanan penelitian kali ini menjadi transformasi spiritual yang mendalam. Baduy, nama yang terdengar masih asing bagi sebagian orang, namun tidak asing lagi bagi masyarakat Banten. Baduy menjadi destinasi terakhir yang membawa pesona tersendiri, menanti di ujung perjalanan panjang yang dimulai dari stasiun hingga Desa Cijahe.
Langkah pertama memasuki wilayah Baduy untuk sampai posko tamu, istirahat sejenak sambil menikmati bekal yang dibawa. Bagaikan melintasi portal waktu, terlihat sekumpulan anak-anak memakai pakaian khasnya berwarna putih (Baduy dalam) atau hitam (Baduy luar), telekung di kepala, kain aros yang memiliki corak berbeda-beda penanda antara Baduy dalam dan luar, lengkap dengan andong yaitu tas yang selalu dibawa masyarakat Baduy. Sekilas tampak seperti anak-anak pemeran drama kolosal yang hidup. Mereka adalah representasi autentik dari masyarakat yang konsisten menjaga tradisi leluhur.
Perjalanan menuju Baduy dalam bukanlah sekedar trekking biasa. Terhitung tiga jam mendaki bukit, menuruni lembah, dan menyeberangi jembatan goyah ditemani oleh Ayah Atok (53), beserta putranya yang bernama Sana (7) mengajarkan arti kesabaran dan ketahanan. Di pertengahan jalan menyempatkan untuk mengabadikan momen lewat sesi foto bersama dengan latar pemandangan yang indah dari rumah adat khas Baduy dan hutan yang luas. Terlihat beberapa “leuit” yaitu lumbung padi tradisional berupa bangunan kecil berbentuk rumah panggung terbuat dari bahan alami seperti kayu dan anyaman bambu yang berdiri kokoh sebagai simbol kemandirian pangan, digunakan masyarakat Baduy untuk menyimpan hasil panen berupa padi (huma). Melihat masyarakat Baduy yang sedang beraktivitas seperti menenun dan berladang dengan kebiasaannya tanpa memakai alas kaki. Di sisi jalan, terlihat banyak buah rinuk yang sedang dijemur dan dikeringkan. Menurut keterangan Ayah Atok, Rinuk adalah tanaman berharga yang buahnya bisa diekspor ke luar seharga Rp.150.000 per kilogram. Momen paling mencengangkan adalah ketika seorang warga Baduy dengan tenang mengonsumsi batu apok yang terdapat pada gundukan batu yang terlihat seperti batu biasa. Sebuah pemandangan yang mengguncang logika modern namun membuktikan harmoni manusia dengan alam yang telah berlangsung berabad-abad.
Setelah menempuh perjalanan kurang lebih 3 jam, Cikeusik menyambut kami dengan keheningan yang menyejukkan. Pemukiman Baduy dalam terdiri atas wilayah Cikeusik yang terkenal akan spiritualnya dan baru tersentuh orang luar, Cibeo yang terkenal akan pertanian dan wisatanya yang unggul, serta Cikertawana. Kediaman Ayah Atok berada di wilayah Cikeusik, Desa Kenakes. Tanpa alat komunikasi, tanpa listrik, tanpa kendaraan, hanya 83 rumah yang bersandar damai di kaki pegunungan. Di sini, sungai bukan hanya sumber air, melainkan kamar mandi alami tempat seluruh masyarakat membersihkan diri menggunakan tumbuhan honje atau biasa dikenal sebagai Kecombrang (Etlingera elatior) sebagai sabun organik. Masyarakat Baduy memiliki peraturan ketat demi menjaga alamnya, mandi di sungai dan tidak diperkenankan menggunakan sabun, shampoo atau apapun yang mengandung bahan kimia demi menjaga ekosistem alami daerah tersebut.
Ambu, istri dari Ayah Atok menyiapkan makanan dan air panas yang diambil dari sungai menggunakan “kele” lalu direbus dan disimpan ke botol kaca yang dikhususkan ketika ada tamu. Peralatan makan mereka biasanya sederhana, tanpa piring dan hanya menggunakan daun pisang. Seiring banyaknya tamu yang berdatangan, mereka menyediakan peralatan makan khusus.
Malam itu, dalam cahaya senter yang redup, tiba waktunya sesi Ayah Atok membagikan filosofi dan pengalaman hidupnya sebagai masyarakat Baduy dalam. Ayah Atok menjelaskan bahwa namanya memiliki arti yaitu ayah dari Atok (anak pertamanya). Ayah Atok menerangkan bahwa seluruh masyarakat Baduy dalam menganut agama Sunda wiwitan, memiliki keyakinan bahwa ibadah dilakukan dari apa yang dilakukan sehari-hari dan seluruh perbuatan pasti ada balasannya, hukum tabur tuai itu nyata. Menjadi alasan mereka sangat patuh dan menjaga alam, karena jika mereka menjaga alam, maka alam akan menjaga mereka. Jika mereka sakit, obat-obatan yang digunakan berasal dari alam yaitu tumbuh-tumbuhan herbal yang ada disekitar. Sederhana, namun mengandung kedalaman makna yang tak terjangkau oleh kompleksitas modern. Jika ada yang meninggal, maka akan dikubur seperti biasa dan kuburannya diberi tanda menggunakan tanaman hanjuang. Penghulu bertugas bukan untuk mengurus pernikahan melainkan mengurus kematian warga.
Dalam kesederhanaan Baduy, tersimpan kearifan yang telah lama hilang dari peradaban urban. Sekitar 80% masyarakat beraktivitas di ladang. Jika sudah menikah, ayah bertugas mencari kayu bakar dan ambu bercocok tanam di ladang. Hasil ladang berupa huma hanya digunakan untuk acara adat, jika kekurangan huma harus meminjam kepada tetangga. Hasil ladang tidak digunakan untuk kebutuhan sehari-hari, sehingga lauk pauk harus beli di luar. Masyarakat Baduy dalam tetap memegang uang dan disimpan di pakaian, sedangkan Baduy luar investasi di emas. Perjodohan dilakukan sedari kecil semasa di dalam kandungan, tetapi jika tidak ingin dijodohkan maka boleh menolak dan tidak ada paksaan. Warga Baduy dalam yang menikah dengan warga Baduy luar maka harus ikut ke Baduy luar, tidak lagi menjadi masyarakat Baduy dalam. Ketika sudah menikah, maka wajib memiliki lumbung. Wanita hamil tidak ada cuti di ladang, tetap bekerja sampai merasa ingin melahirkan. Lahiran pun dilakukan di rumah dibantu dengan keluarga dan paraji. Anak laki-laki berumur 5 tahun, perlu disunat dan dilakukan secara massal di sungai yang dingin pada pagi hari menggunakan pisau.
Terdapat waktu larangan yang ditetapkan bagi tamu untuk tidak berkujung ke Baduy dalam yaitu pada saat kawalu selama 3 bulan. Pada bulan kawalu, masyarakat setempat menjalankan puasa, tidak ada sahur dan saat berbuka puasa dilakukan bersama dengan memakan seupah yang diberikan oleh Puun atau ketua adat di wilayah tersebut. Setelah bulan kawalu, dilakukan acara tradisi atau lebaran yang biasa disebut Seba Baduy. Masyarakat juga dilarang untuk menanam tumbuhan kopi dan singkong. Tidak ada sawah, sehingga padi disebar di sekitar kebun dan mengandalkan cuaca untuk bisa tumbuh. Semua menunjukkan komitmen luar biasa terhadap kelestarian lingkungan dan spiritualitas. Selain berladang, Ayah Atok juga berjualan madu dan beberapa barang khas Baduy, mulai dari telekung, kain aros, hingga gelang anyaman. Ayah menjelaskan bahwa madu Baduy ada dua macam yaitu madu hitam dan merah, sesuai dengan jenis tawonnya. Madu merah berasal dari tawon besar yang ada di hutan dan madu hitam berasal dari tawon kecil yang ada di bambu. Madu berkhasiat sebagai obat sariawan dan panas dalam. Warga Baduy dalam perlu membayar uang kas/uang kebersihan seebesar Rp.25.000/tahun.
Alun-alun biasa digunakan sebagai tempat kumpul ketika ada acara adat atau pernikahan. Terdapat peringatan jika dilarang mengarahkan senter ke arah rumah Puun dan dilarang melewati batas yang ditandai dengan bambu yang ada disekitar alun-alun. Puun adalah ketua adat yang hanya bisa ditemui saat ada kepentingan/acara adat seperti pernikahan. Setiap wilayah memiliki puun nya masing-masing. Tidak ada batas usia untuk menjadi puun, tapi mereka tau kapan mereka harus berhenti menjadi puun dan diwariskan kepada keturunannya. Namun, yang menjadi puun tidak perlu segaris turunan, sehingga menantu pun bisa menjadi Puun. Puun menunjuk Jaro atau biasa dikenal sebagai kepala desa. Jaro bertugas untuk menjaga kampung dan bisa ditemui ketika ada tamu. Jaro juga biasa mengadakan razia, khawatir ada masyarakat yang melanggar.
Keesokan paginya, dilakukan pencarian sampel penelitian ditemani oleh Ayah Atok untuk pergi bersama ke ladangnya. Kondisi cuaca yang cerah dan sejuk sangat mendukung perjalanan mendapatkan sampel. Jarak tempuh yang jauh dan ekstrem, menyebrangi sungai dengan arus yang lumayan deras ditempuh untuk sampai ke ladang Ayah Atok. Setelah mendapatkan tanaman honje merah dan putih, kembali mendaki untuk mencari sampel lain. Sampai di ladang Atok, banyak sampel berupa tanaman obat dan kosmetik yang didapat. Setelah semua sampel didapat, semua kembali berjalan pulang ke rumah Ayah Atok untuk bebersih dan sarapan pagi semua anggota bersiap untuk pulang, sebelumnya kita berpamitan dulu kepada ambu dan jaro yang ada di desa tersebut.
Perjalanan pulang terasa berat, bukan karena jalur yang menantang tetapi karena meninggalkan sebuah dunia yang telah mengubah perspektif fundamental tentang kehidupan. Baduy mengajarkan bahwa kemajuan sejati bukan terletak pada teknologi atau materi, melainkan pada keseimbangan dengan alam dan kedamaian batin. Di tengah pesatnya perkembangan era digital, masyarakat Baduy membuktikan bahwa kebahagiaan autentik dapat ditemukan dalam kesederhanaan. Mereka adalah pengingat hidup bahwa modernitas yang hakiki adalah kemampuan mempertahankan nilai-nilai luhur sambil tetap beradaptasi dengan perubahan zaman. Baduy bukan sekedar destinasi penelitian, tetapi cermin yang memantulkan esensi kemanusiaan yang hampir terlupakan. Di sana, waktu bergerak dengan ritme alam dan kehidupan mengalir dalam harmoni yang teruji berabad-abad. Dalam keheningan Baduy, saya menemukan suara terdalam dari jiwa yang lelah akan hiruk-pikuknya dunia modern.
Ditulis oleh:
Laya Rhahillia